苦咸水反滲透膜系統運行的正確方法：
1、保持產水流量、回收率、總濃水排放量和運行壓力符合設計范圍
2、任何由于溫度或污染所引起的膜通量的變化需要通過調整進水壓力來補償，但不能超過規定的最高進水壓力，也不允許讓反滲透膜容納太多的污垢。
3、如果進水水質分析報告發生變化造成結垢傾向增加，則應
（1）增加系統濃水的排放量
（2）降低系統的回收率
（3）采取其它措施以符合新的系統狀況
常見的情況是須根據需要調節苦咸水反滲透膜系統的產水量。設計時通常按照用水高峰確定系統規模，因此，不能采取超過設計產水量的操作，系統產水量的調節就只能是指降低系統出力。
當不需要產水時，簡單的方法就是停止苦咸水反滲透膜系統的運行，然而系統的頻繁啟動與停止將會影響反滲透膜的性能和壽命，為了得到相對平穩的運行，可設計產水緩沖儲罐。
減低操作壓力是另一種減少苦咸水反滲透膜系統產水量的方法，此時選用轉速可調高壓水泵還可以節能。當降低產水量時，如果希望保持系統原有回收率不變，須經過計算機膜系統分析軟件進行核算，確保單支反滲透膜元件的回收率不會超出它們的極限，有時在低產水流量運行期間，苦咸水反滲透膜系統脫鹽率會比設計產水流量運行條件時低，同時還必須注意在低流量運行時，確保系統的濃水流量超過最小濃水流量。
還有一種降低產水量的做法是讓多余的產水返回到反滲透膜之前與原水混合，這樣可以保證膜的水力學和壓力狀況基本恒定，這時最終產水品質將會提高，循環返回的產水對反滲透膜具有一定的清洗作用。
