陶氏膜的微生物污染在所有污染問題中是比較難處理的，所以在系統投入運行前應該做好檢查，避免出現任何與微生物活動有關的問題。陶氏膜系統微生物防治的啟動前檢查內容如下：
1、若中間使用敞開式的容器時，需在該敞開式的容器及其下游進行殺菌。
2、若中間使用封閉式的容器時，陶氏膜系統的通氣或通風系統須有防止細菌的設備，如呼吸過濾器。
3、需避免較長的盲管，當無法避免時，需定期消毒殺菌。
4、避免設置像砂濾或保安過濾器這樣具有大面積的備用設備，若無法避免，需安裝排放系統，用于排放系統經殺菌之后所殘留的殺菌劑和該備用設備投運前的沖洗排放。
5、根據原水微生物負荷和陶氏膜系統特點，進行預處理的定期殺菌。
6、建議用含足夠量氯的水反沖洗陶氏膜預處理系統。一般而言，用于殺菌、沖洗和配置清洗溶液的水應不含微生物。
7、組成前處理系統的管線、接頭、過濾器和貯罐應不透光，以免促進生物的生長。
8、所有管線、水箱、接頭、貯罐、過濾設備及整個前處理系統在每次開機前、開機后以及陶氏膜系統連續操作期間皆需定期殺菌。除反滲透膜部位外，可采取重點加氯法，此時，需保護ro反滲透系統免遭氯的接觸，如使用盲板法蘭將反滲透膜部分與其他系統隔離，為此還應在靠近法蘭下方安裝排放裝置。
9、在陶氏膜系統現場需有足夠用于保存、清洗及殺菌的化學藥品。
