沖擊殺菌處理方式是在有限的時間段內以及反滲透膜水處理系統正常操作期間，向反滲透膜的進水中加入殺菌劑，亞硫酸氫鈉常常被用于這種處理目的，有一般情況下，500~1,000ppm的NaHSO3加入30分鐘左右即可。
沖擊處理可以按固定的時間間隔周期性地進行，例如每隔24小時一次，或懷疑反滲透膜系統出現生物滋生時處理一次。但是這種處理方法的有效性有待印證。在這種沖擊處理期間反滲透膜所產的產水會含有所加入的亞硫酸氫鈉濃度的1~4%。根據產水的用途，可以決定是否應將沖擊殺菌期間的產水回收還是排放掉，亞硫酸氫鈉對需氧的細菌比對厭氧的微生物更有效。因此，反滲透膜系統采用沖擊殺菌處理應事先經過仔細評估。
除了連續地向反滲透膜原水加入殺菌劑外，也可以定期對系統消毒以控制生物污染。這種處理方法用于存在中等生物污染危害的反滲透膜系統上，但在有高度生物污染危害的系統，消毒僅是進行連續殺菌劑處理的輔助方法。
進行反滲透膜的預防性消毒比進行糾正性殺菌更為有效，因為孤立附著的細菌比厚實、老化的生物膜要容易被殺死和清除掉。
一般的消毒間隔是每月一次，但有嚴格衛生要求的反滲透膜水處理系統（如制藥工藝用水）和高污染原水（例如廢水）也許會每天一次，當然反滲透膜的壽命受到所用化學品種類、濃度的影響，經過強烈的消毒，可能會縮短膜壽命。
